ارزیابی ژنگانی اندازة مؤثر جمعیت برخی از نژادهای گوسفند ایرانی با استفاده از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی
نویسندگان
چکیده مقاله:
هدف از این تحقیق برآورد اندازة مؤثر (Ne) برخی از نژادهای گوسفند ایرانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP در سطح ژنگان (ژنوم) بود. به این منظور از اطلاعات ژنگانی مجموع 217 نمونه حیوان شامل 45، 37، 34، 35، 45 و 11 نمونه بهترتیب از نژادهای زل، افشاری، مغانی، قزل، لریبختیاری و یک نژاد گوسفند وحشی ایرانی که با استفاده از آرایههای Illumina OvineSNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شدهاند، استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژة Sheep HapMap انجام شد. اندازة مؤثر با استفاده از اطلاعات نداشتن تعادل پیوستگی (لینکاژی) در طی 4 تا 3500 نسل پیش محاسبه شد. نتایج تجزیة مؤلفههای واریانس (PCA) نشان داد که همة نژادها با استفاده از دو مؤلفة اول از همدیگر مجزا میشوند. میانگین ناخالصی (هتروزیگوسیته) مورد انتظار و مشاهده‌شده در نژادهای مختلف بهترتیب در دامنة 37/0-36/0 و 43/0-37/0 بهدست آمد. نتایج به‌دست‌آمده از محاسبة اندازة مؤثر در نژادهای مختلف، نشاندهندة روند کاهش تدریجی Ne در طی 3500 سال گذشته تاکنون با یک شیب کاهشی زیاد در حدود 550 نسل پیش برای همة نژادها بود. اندازه Ne در نسلهای حاضر (4 نسل قبل) در نژادهای گوسفند ایرانی در دامنه 89-9 رأس بود. بیشترین Ne در نژاد زل (89 رأس) و کمترین در نژادهای افشاری (44 رأس) و نژاد وحشی گوسفند (9 رأس) مشاهده شد. درمجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که باوجود تنوع ژنتیکی مناسب در این جمعیتها، اندازة مؤثر آن‌ها به‌ویژه در نژاد گوسفند افشاری و نژاد وحشی در طی نسلهای اخیر به‌شدت کاهش یافته است و طراحی برنامههای مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقی‌ماندة این نژادهای بومی ضروری است.
منابع مشابه
ردیابی نشانههای انتخاب مثبت در نژادهای گوسفند ایرانی افشاری و مغانی با استفاده از اطلاعات ژنگانی
شناسایی مناطق ژنگانی (ژنومی) تحت انتخاب مثبت از بحث‌های مهم در حوزۀ ژنتیک جمعیت است. هدف این تحقیق، شناسایی مناطقی از ژنگان گوسفندان افشاری و مغانی است که تحت تأثیر انتخاب طبیعی یا مصنوعی قرار گرفتهاند. برای این منظور 75 رأس گوسفند از دو نژاد افشاری (41 رأس) و مغانی (34 رأس)، با استفاده از آرایههای ژنگانیIllumina Ovine SNP50K BeadChip تعیین نژادگان (ژنوتیپ) شدند. برای ردیابی نشانههای انتخاب...
متن کاملبررسی ژنومی ساختار جمعیتی و عدم تعادل پیوستگی در برخی از نژادهای گوسفند بومی ایران
فن‌آوری‌های ژنومی مانند تعیین ژنوتیپ با کارایی بالا بر اساس آرایههای SNP، پتانسیل بالایی برای رمزگشایی معماری ژنتیکی صفات پیچیده دارد و اطلاعات زمینه‌ای در مورد ساختار ژنوم در حیوانات اهلی، از قبیل میزان عدم تعادل پیوستگی (LD) فراهم می‌کند. در این پژوهش، از آرایه ژنومیIllumina Ovine SNP50K BeadChip برای تخمین و مقایسه عدم تعادل پیوستگی، اندازه مؤثر جمعیت (Ne) و هتروزیگوسیتی در سه جمعیت گوسفند ...
متن کاملتعیین پیوستگی/عدم پیوستگی مخازن هم‌فشار با استفاده از اطلاعات PVT سیال مخزن در یک مخزن گاز میعانی
متن کامل
اثرات QTLهایی با سطوح مختلف غالبیت بر الگوهای عدم تعادل پیوستگی حاصل از جهش
در این تحقیق جمعیتی از 160 فرد نر و 320 ماده با ژنومی متشکل از 4 کروموزوم شبیه سازی شد. کروموزوم اول دارای 100 جایگاه 2 آللی پیوسته و کروموزوم‌های دیگر هر یک دارای 50 جایگاه 2 آللی بودند. سپس یک جهش تاثیرگذار در جایگاه 50 کروموزوم 1 با اثر ژنوتیپی معادل نصف انحراف معیار افزایشی صفت مورد نظر قرار داده شد. سایر جایگاه‌های این کروموزوم به عنوان نشانگرهای اسنیپ قابل ردیابی در نظر گرفته شد. با فرض...
متن کاملتخمین نرخ همخونی با استفاده از رشتههای هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه مؤثر جمعیت در برخی از نژادهای اسب آسیایی
هدف از این تحقیق محاسبه همخونی با استفاده از رشتههای هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه مؤثر جمعیت (Ne) در برخی از نژادهای اسب آسیایی بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی مجموع 99 نمونه حیوان شامل 19، 24، 18، 19 و 19 نمونه بهترتیب از نژادهای آخالتکه، عرب، کاسپین، مغولی و تروبرد استفاده شد که با بهکارگیری آرایههای Illumina SNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شدهاند. این تحقیق با همکاری کنس...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 48 شماره 1
صفحات 39- 49
تاریخ انتشار 2017-05-22
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023